اوایل خردادماه، سازمان امور مالیاتی سه شرط خارج از نقاط جمعیتی بودن، داشتن تراز تجاری مثبت و محصور بودن منطقه با تایید گمرک را برای معافیت مالیاتی مناطق آزاد اعلام کرد و منطقه آزاد کیش را از حیث خارج بودن از نقاط جمعیتی دارای شرط معافیت مالیاتی ندانست.
این موضوع به محل اختلاف دو سازمان تبدیل شده و آنطور که محمدجواد کبیری مدیرعامل منطقه آزاد کیش به اکوایران پاسخ داده، دو سازمان در عین رفاقت بر سر بندهایی از قانون مالیات مناطق آزاد با هم اختلاف نظر دارند.
به گفته کبیری، در خصوص مالیات بر ارزش افزوده واردات و صادرات بین سرزمین اصلی و مناطق آزاد اختلاف نظر وجود دارد لذا با سازمان امور مالیاتی تفاهماتی انجام شده تا یا معافیت‌های مالیاتی احیا شوند یا اینکه به جزایر برگردانده شوند.
کبیری توضیح داده که اصلاح قانون از طریق مجلس هم در حال پیگیری است که یکی از این دو حالا یا معافیت یا بازگرداندن مالیات‌ها به جزیره اجرایی شود.
مدیرعامل منطقه آزاد کیش در پاسخ به سوال دیگری اکوایران درخصوص واگذاری کیش ایر هم توضیح داده که سازمان خصوصی‌سازی دنبال خصوصی شدن کیش ایر است اما کیش ایر به عنوان یک ایرلاین برای کیش یک زیرساخت محسوب می‌شود و نباید به بخش خصوصی به ویژه بخش خصوصی خارج از کیش واگذار شود.
